Vatikanmuseernes bibliotek, der blev grundlagt i 1475, huser tidsskrifter og moderne bøger, der dokumenterer Vatikanmuseernes skatte. Forhistorien til de klassiske græske, romerske, egyptiske, assyrisk-babylonske og etruskiske antikviteter, tekster om middelalder og samtidskunst og mere detaljeret materiale om restaurering og konservering af kunstværker er nogle af de mange emner, der findes i biblioteket. Markiserne Guglielmi af Vulci, kardinal Jorge Mara Meja, professorerne Bruno Mantura og Verbite-fædrene Michael Schulien og Wilhelm Schmidt har alle givet velgørende donationer til biblioteket i årenes løb.