Vatikanarkivet ble opprinnelig kalt "Vatikanets hemmelige arkiv". I oktober 2019 endret pave Frans imidlertid den århundregamle tittelen Vatikanets hemmelige arkiv (Archivum Secretum Vaticanum) til Vatikanets apostoliske arkiv. Paven utstedte et apostolisk brev, motu proprio, datert 22. oktober, der arkivet fikk nytt navn. Navneendringen var et ledd i arbeidet med å rydde opp i feiltolkningene som oppsto som følge av bruken av betegnelsen "Segreto" (hemmelig).
På latin betyr både secretum, separat eller privat) og apostolicum *betyr, som tilhører *domnus apostolicus, dvs. paven). Å bytte om på begrepene endret i praksis ikke arkivenes identitet eller formål. Det er fortsatt pavens private arkiv.
Det ville imidlertid ikke være så galt å kalle det et hemmelig arkiv, i den forstand at arkivet ikke er åpent for allmennheten, men kun for forskere og vitenskapsmenn. Deler av arkivet er fortsatt hemmeligstemplet.