Arhivele Vaticanului au fost denumite inițial "Arhivele secrete ale Vaticanului". Cu toate acestea, în octombrie 2019, Papa Francisc a schimbat titlul vechi de secole al Arhivelor Secrete ale Vaticanului (Archivum Secretum Vaticanum) în Arhivele Apostolice ale Vaticanului. Papa a emis o scrisoare apostolică, motu proprio, din 22 octombrie, prin care a redenumit arhiva. Schimbarea numelui a făcut parte dintr-un efort de a elimina interpretările eronate care au apărut din utilizarea termenului "Segreto" (Secret).
În latină, atât secretum, înseamnă separat sau privat), cât și apostolicum înseamnă, aparținând domnus apostolicus, adică papei). Astfel, schimbarea termenilor nu a schimbat identitatea sau scopul arhivelor, în toate scopurile practice. Aceasta continuă să fie arhiva privată a Papei.
Cu toate acestea, nu ar fi atât de greșit să o numim arhivă secretă, în sensul că arhiva nu este deschisă publicului larg, ci doar cercetătorilor și cercetătorilor. Unele părți ale arhivei continuă să rămână clasificate.