Arhivele Vaticanului au fost denumite inițial "Arhivele secrete ale Vaticanului". Cu toate acestea, în octombrie 2019, Papa Francisc a schimbat titlul vechi de secole al Arhivelor Secrete ale Vaticanului (Archivum Secretum Vaticanum) în Arhivele Apostolice ale Vaticanului. Papa a emis o scrisoare apostolică, motu proprio, din 22 octombrie, prin care a redenumit arhiva. Schimbarea numelui a făcut parte dintr-un efort de a elimina interpretările eronate care au apărut din utilizarea termenului "Segreto" (Secret).
În latină, atât secretum, înseamnă separat sau privat), cât și apostolicum înseamnă, *aparținând *domnus apostolicus, adică papei). Astfel, schimbarea termenilor nu a schimbat identitatea sau scopul arhivelor, în toate scopurile practice. Aceasta continuă să fie arhiva privată a Papei.
Cu toate acestea, nu ar fi atât de greșit să o numim arhivă secretă, în sensul că arhiva nu este deschisă publicului larg, ci doar cercetătorilor și cercetătorilor. Unele părți ale arhivei continuă să rămână clasificate.