Изначально Ватиканский архив назывался "Секретным архивом Ватикана". Однако в октябре 2019 года Папа Франциск изменил многовековое название Секретного архива Ватикана (Archivum Secretum Vaticanum) на Ватиканский апостольский архив. Папа издал апостольское письмо, motu proprio, от 22 октября, переименовав архив. Смена названия была частью усилий по устранению неправильных толкований, возникших из-за использования термина "Segreto" (Секретно).
На латыни и secretum, означает отдельный или частный), и apostolicum означает, принадлежащий domnus apostolicus, то есть Папе). Таким образом, замена терминов, в практических целях, не изменила ни идентичности, ни назначения архивов. Она по-прежнему является личным архивом Папы Римского.
Впрочем, не так уж и неправильно было бы назвать его секретным архивом, в том смысле, что архивы открыты не для обычной публики, а только для ученых и исследователей. Части архива продолжают оставаться засекреченными.