Vatikanens arkiv kallades ursprungligen "Vatikanens hemliga arkiv". I oktober 2019 ändrade dock påven Franciskus den månghundraåriga titeln på Vatikanens hemliga arkiv (Archivum Secretum Vaticanum) till Vatikanens apostoliska arkiv. Påven utfärdade ett apostoliskt brev, motu proprio, daterat den 22 oktober, som gav arkivet ett nytt namn. Namnbytet var ett led i strävan att undanröja de missförstånd som uppstått i samband med användningen av termen "Segreto" (Secret).
På latin betyder både secretum, separat eller privat) och apostolicum * , tillhörande *domnus apostolicus, dvs. påven). Att byta ut termerna förändrade således inte arkivets identitet eller syfte i praktiken. Det fortsätter att vara påvens privata arkiv.
Det vore dock inte så fel att kalla det ett hemligt arkiv, i den meningen att arkivet inte är öppet för allmänheten, utan endast för forskare och akademiker. Delar av arkivet är fortfarande hemligstämplat.