Het Vaticaans Archief werd aanvankelijk het "Vaticaans Geheim Archief" genoemd. In oktober 2019 veranderde paus Franciscus echter de eeuwenoude titel van Vaticaans Geheim Archief (Archivum Secretum Vaticanum) in Vaticaans Apostolisch Archief. De paus gaf een apostolische brief uit, motu proprio, gedateerd 22 oktober, waarin het archief een nieuwe naam kreeg. De naamsverandering was onderdeel van een poging om een einde te maken aan de misinterpretaties die waren ontstaan door het gebruik van de term "Segreto" (Geheim).
In het Latijn betekent zowel secretum, apart of privé) en apostolicum * , behorend tot de *domnus apostolicus, d.w.z. de paus). Het verwisselen van de termen veranderde dus praktisch gezien niets aan de identiteit of het doel van de archieven. Het blijft het privé-archief van de paus.
Het zou echter niet zo verkeerd zijn om het een geheim archief te noemen, in de zin dat het archief niet toegankelijk is voor het gewone publiek en alleen voor wetenschappers en onderzoekers. Delen van het archief blijven geheim.