Archiwa Watykańskie początkowo nosiły nazwę "Tajnych Archiwów Watykańskich". Jednak w październiku 2019 r. papież Franciszek zmienił wielowiekowy tytuł Tajnych Archiwów Watykańskich (Archivum Secretum Vaticanum) na Watykańskie Archiwa Apostolskie. Papież wydał list apostolski, motu proprio, z 22 października, zmieniając nazwę archiwum. Zmiana nazwy była częścią wysiłków mających na celu usunięcie błędnych interpretacji, które powstały w wyniku użycia terminu "Segreto" (Secret).
W języku łacińskim zarówno secretum, oznacza oddzielny lub prywatny), jak i apostolicum *oznacza, należący do *domnus apostolicus, tj. papieża). W związku z tym zamiana terminów, z praktycznego punktu widzenia, nie zmieniła tożsamości ani celu archiwów. Nadal jest to prywatne archiwum papieża.
Nie byłoby jednak błędem nazwanie go tajnym archiwum, w tym sensie, że nie jest ono otwarte dla ogółu społeczeństwa, a jedynie dla naukowców i badaczy. Część archiwum nadal pozostaje utajniona.