Vatikan Arşivleri başlangıçta "Vatikan Gizli Arşivleri" olarak adlandırılmıştır. Ancak Ekim 2019'da Papa Francis yüzyıllardır kullanılan Vatikan Gizli Arşivleri (Archivum Secretum Vaticanum) unvanını Vatikan Apostolik Arşivleri olarak değiştirmiştir. Papa, 22 Ekim tarihli bir Apostolik Mektup, motu proprio, yayınlayarak arşivin adını değiştirdi. İsim değişikliği, "Segreto" (Gizli) teriminin kullanımından kaynaklanan yanlış anlamaları giderme çabasının bir parçasıydı.
Latince'de hem secretum, ayrı veya özel anlamına gelir) hem de apostolicum * , domnus apostolicus*, yani papaya ait anlamına gelir). Dolayısıyla, terimlerin değiştirilmesi, tüm pratik amaçlar için, arşivlerin kimliğini veya amacını değiştirmemiştir. Papa'nın özel arşivi olmaya devam etmektedir.
Bununla birlikte, arşivlerin halka açık olmaması ve sadece akademisyen ve araştırmacılara açık olması anlamında gizli bir arşiv olarak adlandırmak çok da yanlış olmayacaktır. Arşivin bazı bölümleri gizli kalmaya devam etmektedir.