O Arquivo do Vaticano foi inicialmente chamado de "Arquivo Secreto do Vaticano". No entanto, em outubro de 2019, o Papa Francisco mudou o título secular dos Arquivos Secretos do Vaticano (Archivum Secretum Vaticanum) para Arquivos Apostólicos do Vaticano. O Papa emitiu uma Carta Apostólica, motu proprio, datada de 22 de outubro, renomeando o arquivo. A mudança de nome foi parte de um esforço para eliminar as interpretações errôneas que surgiram com o uso do termo "Segreto" (Secreto).
Em latim, tanto secretum, significa separado ou privado) quanto apostolicum significa, pertencente ao domnus apostolicus, ou seja, o papa). Assim, a troca dos termos, para todos os fins práticos, não alterou a identidade ou a finalidade dos arquivos. Ele continua sendo o arquivo particular do Papa.
Entretanto, não seria tão errado chamá-lo de arquivo secreto, no sentido de que os arquivos não estão abertos ao público comum, mas apenas a acadêmicos e pesquisadores. Partes do arquivo continuam a ser confidenciais.