Les Archives du Vatican étaient initialement appelées "Archives secrètes du Vatican". Cependant, en octobre 2019, le pape François a changé le titre séculaire des Archives secrètes du Vatican (Archivum Secretum Vaticanum) en Archives apostoliques du Vatican. Le pape a publié une lettre apostolique, motu proprio, datée du 22 octobre, qui renomme les archives. Ce changement de nom s'inscrit dans le cadre d'un effort visant à éliminer les interprétations erronées qui découlaient de l'utilisation du terme "Segreto " (Secret).
En latin, secretum, signifie séparé ou privé) et apostolicum *signifie, appartenant au *domnus apostolicus, c'est-à-dire au pape). Ainsi, l'échange des termes, à toutes fins pratiques, n'a pas changé l'identité ou l'objectif des archives. Il continue d'être les archives privées du Pape.
Toutefois, il ne serait pas faux de parler d'archives secrètes, dans la mesure où elles ne sont pas accessibles au grand public, mais seulement aux universitaires et aux chercheurs. Certaines parties des archives restent classifiées.