El Archivo Vaticano se denominó inicialmente "Archivo Secreto Vaticano". Sin embargo, en octubre de 2019 el Papa Francisco cambió el título secular de Archivo Secreto Vaticano (Archivum Secretum Vaticanum) por el de Archivo Apostólico Vaticano. El Papa emitió una Carta Apostólica, motu proprio, fechada el 22 de octubre, en la que cambiaba el nombre del archivo. El cambio de nombre formaba parte de un esfuerzo por aclarar las interpretaciones erróneas que surgieron del uso del término "Segreto" (Secreto).
En latín, tanto secretum, significa separado o privado) como apostolicum *significa, perteneciente al *domnus apostolicus, es decir, al Papa). Por tanto, el intercambio de términos, a efectos prácticos, no cambió la identidad ni la finalidad de los archivos. Sigue siendo el archivo privado del Papa.
Sin embargo, no sería tan erróneo llamarlo archivo secreto, en el sentido de que los archivos no están abiertos al público común, sino sólo a estudiosos e investigadores. Algunas partes del archivo siguen estando clasificadas.