L'Archivio Vaticano fu inizialmente chiamato "Archivio Segreto Vaticano". Tuttavia, nell'ottobre 2019 Papa Francesco ha cambiato il titolo secolare di Archivio Segreto Vaticano (Archivum Secretum Vaticanum) in Archivio Apostolico Vaticano. Il Papa ha emesso una Lettera Apostolica, motu proprio, del 22 ottobre, rinominando l'archivio. Il cambio di nome fa parte di uno sforzo per chiarire le interpretazioni errate che sono nate dall'uso del termine "Segreto" (Segreto).
In latino, sia secretum, significa separato o privato) che apostolicum *significa, appartenente al *domnus apostolicus, cioè il papa). Pertanto, lo scambio dei termini, a tutti gli effetti, non ha cambiato l'identità o lo scopo dell'archivio. Continua ad essere l'archivio privato del Papa.
Tuttavia, non sarebbe così sbagliato definirlo un archivio segreto, nel senso che l'archivio non è aperto al pubblico comune, ma solo a studiosi e ricercatori. Alcune parti dell'archivio continuano a rimanere classificate.