Das Vatikanische Archiv trug ursprünglich den Namen "Vatikanisches Geheimarchiv". Im Oktober 2019 änderte Papst Franziskus jedoch den jahrhundertealten Titel des Vatikanischen Geheimarchivs (Archivum Secretum Vaticanum) in Vatikanisches Apostolisches Archiv. Der Papst gab ein Apostolisches Schreiben, motu proprio, vom 22. Oktober heraus, in dem er das Archiv umbenannte. Die Namensänderung war Teil der Bemühungen, die Fehlinterpretationen auszuräumen, die durch die Verwendung des Begriffs "Segreto" (Geheim) entstanden waren.
Im Lateinischen bedeutet sowohl secretum, getrennt oder privat) als auch apostolicum * , dem domnus apostolicus*, d.h. dem Papst gehörend). Die Vertauschung der Begriffe hat also praktisch nichts an der Identität oder dem Zweck des Archivs geändert. Es ist nach wie vor das Privatarchiv des Papstes.
Es wäre jedoch nicht so falsch, es als Geheimarchiv zu bezeichnen, in dem Sinne, dass das Archiv nicht für die breite Öffentlichkeit zugänglich ist, sondern nur für Wissenschaftler und Forscher. Teile des Archivs bleiben weiterhin geheim.